Havnø Mølle udspringer af Havnø Gods, og den fortæller dermed også godsets historie fra det omtales første gang i 1468 og til Christen Kjeldsen med hjælp fra sin svoger Christen Dinesen købte Havnø med landbrugsjord, enge og skove i 1816.
Christen Kjeldsen blev ejer i en økonomisk meget svær tid. Statsbankerotten i 1813 satte sit aftryk overalt i samfundsøkonomien, men især var afgiften, der blev lagt på alle ejendomme, tung at bære for de store landbrug – ikke mindst i de år med misvækst, som indtrådte få år efter.
Først midt i 1830’erne havde Christen Kjeldsen fået så meget styr på godsets økonomi, at han kunne begynde at lægge landbruget om. Som led heri blev der også bygget mange nye bygninger på Havnø.
Møllen var det første han byggede. Det skete i 1842. Hensigten var at producere byggryn til eksport til Norge samt producere vinterfoder til studene og rugmel til brød til det store folkehold på godset. Det talte omkring 30 personer, som alle fik kosten på herregården.
Møllen var i brug indtil 1927, da kammerherre Knud Juel købte Havnø. Han erstattede vindmøllen med et lokomobil, der blev placeret i laden.
I 1964 blev møllen bygningsfredet, men fik efterhånden lov til at forfalde. 1. september 1994 overtog det daværende Hadsund Egns Museum skødet på Havnø Mølle, og den har siden gennemgået en gennemgribende restaurering i tæt samarbejde med foreningen Havnø Mølles Venner.
Siden 2001 har Havnø Mølle virket som arbejdende museumsmølle, og den drives i dag i et samarbejde mellem Havnø Mølles Venner, Havnø Møllelaug og Nordjyllands Historiske Museum.