De to gamle pakhuse, som museet har til huse i, er i sig selv et besøg værd. Pakhusene er bygget tilbage i 1930érne og tidligere anvendt af Hobro Korn. Når man kommer ind på museet, er der frit udsyn til de bærende trækonstruktioner og fritliggende spær, der sammen med duften af tjære og linolie danner rammen om museet.

På nuværende tidspunkt udstiller Lystfartøjsmuseet 30 fartøjer. I det ene pakhus er indrettet en bådehal med udstilling af riggede både. I den anden bygning er der udover udstilling af mindre både bl.a. også indrettet bibliotek, plancheudstilling, grej til sejlads, modeller samt havnens lokalhistorie. Her er det også muligt at få et kig i museets samling af søkort. Museets bibliotek rummer bl.a. en del sejlsportslitteratur, der i sæsonen benyttes af såvel lokale som indenlandske og udenlandske sejlere, der lægger til i Hobro.

Stort set alle effekter, incl. både, er gaver og donationer fra private personer. Allerede tilbage i 1992, endnu inden museet var fysisk etableret, fik man overdraget krydsjagten “Silvana” af Svendborg fra 1895, der efterfølgende blev restaureret i bådhallen, hvor den nu er udstillet. Det er samtidig den eneste af museets udstillede både, man kan komme ombord i.